てことで、最終的にこんな感じで設定してみました。
// set IME options
setImeOptions(EditorInfo.IME_ACTION_DONE
|EditorInfo.IME_FLAG_NO_FULLSCREEN
|EditorInfo.IME_FLAG_NO_EXTRACT_UI);
Froyo以降では、IME_FLAG_NO_FULLSCREENが有効で、IME_FLAG_NO_EXTRACT_UIより強い。基本的にIMEはPortraitと同じ動作。
Eclair以前では、IME_FLAG_NO_FULLSCREENが無効。IME_FLAG_NO_EXTRACT_UIが有効。
一応、Desire(2.2)(iWnn,Simeji,Grafitti,BetterKeyboard8)、IS03(2.1)(iWnn)、IS04(2.1)(ATOK)、IS01(1.6)(iWnn)で問題ないことを確認しました。