キャレット位置に下線をつけるオプションを有効にした場合、ハイライトのテキストと同じ色で、下線表示されます。好きな色を指定したい場合は、misc.iniに以下の行を足してください。
color_underline=C00000 ;下線の色
この場合、赤い色で表示されます。
jot.txtには書いたんだけど、misc.iniにサンプル入れるの忘れてました。